在使用日光温室进行育苗的过程中，与露天育苗相同的，都需要进行催芽，不同的则是温室内配备有专门的催芽室，可以做专业的管理。
在催芽室内，最基本的配置就是温度计了，因为温度是直接关系到出苗与否的关键。一般会配备有三个温度计，进门边一个掌控空间温度。倒数第二层穴盘上一个、正数第二层穴盘上一个，分别来观察盘垛内的温度。
在催芽过程中，经常会需要升温，这对于温室操作来讲是非常简单的，但是也要注意做好防范措施，避免高温直接接触种苗，或是温升过快等事件发生。
另外，在阳光强烈的天气，应当放帘子进行遮阴，还要密切注意湿度，及时进行补水，为种苗提供最佳催芽环境。